行政補償是指國家對行政機關(guān)及其工作人員在行使職權(quán)過程中因合法行為損害公民、法人或者其他組織合法權(quán)益而采取的補救措施。行政賠償和行政補償都是國家對行政機關(guān)及其工作人員行使職權(quán)過程中給公民、法人或者其他組織合法權(quán)益造成的損害采取補救措施，而且在危險責任領(lǐng)域，行政補償與行政賠償之間沒有明確的界限。但是，兩者仍然存在許多區(qū)別，表現(xiàn)在：
1、原因不同。兩者都是國家對行政機關(guān)及其工作人員在行政管理過程中損害公民、法人或者其他組織合法權(quán)益所采取的補救措施，但是，行政賠償所針對的損害是行政機關(guān)及其工作人員的違法行為，而行政補償針對的是合法行為。
2、范圍不同。行政賠償?shù)姆秶∮谛姓a償?shù)姆秶?。行政賠償受國家賠償法的限制，國家并非對所有的行政侵權(quán)行為都承擔賠償責任，如對國防外交等國家行為，一般認為實行國家豁免，國家對給公民、法人或者其他組織所造成的損害不承擔賠償責任。行政補償?shù)脑蛐袨槌撕戏ㄐ赃@一限制之外，沒有其他的限制。
3、程度不同。行政賠償對公民、法人或者其他組織合法權(quán)益的補救程度不如行政補償充分。國家賠償法針對的損害限于人身權(quán)和財產(chǎn)權(quán)的損害，而行政補償沒有這種限制。而且，對國家賠償法規(guī)定范圍之內(nèi)的行政侵權(quán)行為所造成的損害，國家也并非全部賠償，而是限于最低限度的直接損失。國家賠償法規(guī)定"計算標準"的作用之一為了限制賠償?shù)臄?shù)額。行政補償采取補償實際損失的原則，行政機關(guān)及其工作人員的合法行為給公民、法人或者其他組織的合法權(quán)益造成了多大的損害，國家就補償多少。當然，行政補償所針對的損害必須是特定的公民、法人或者其他組織所遭受特別的損害，而不是普遍的損害。從損害這一點來看，行政賠償著眼于賠償?shù)淖罡邤?shù)額，而行政補償著眼于損害的特定性，沒有數(shù)額的限制。
4、程序不同。行政補償可能是在損害發(fā)生之前由行政機關(guān)與公民協(xié)商解決，也可能是在損害發(fā)生之后由行政機關(guān)與之協(xié)商解決。行政賠償只能發(fā)生在侵權(quán)行為發(fā)生之后，由行政機關(guān)與公民協(xié)商解決。行政補償和行政賠償都可以適用調(diào)解，但是，公民因與行政機關(guān)對行政補償不能達成協(xié)議而起訴的，適用一般的行政訴訟程序；與行政賠償義務(wù)機關(guān)對行政賠償不能達成協(xié)議而起訴的，適用行政侵權(quán)賠償訴訟程序。
5、性質(zhì)不同。行政賠償性質(zhì)上屬于行政法律責任，而行政補償性質(zhì)上屬于具體行政行為。行政賠償是國家對行政機關(guān)及其工作人員違法行使職權(quán)的行為而承擔的一種法律責任，具有否定和譴責的含義；而行政補償是國家對行政機關(guān)及其工作人員合法行為所造成的損害而采取的補救措施，行政機關(guān)作出的補償決定屬于具體行政行為。
6、依據(jù)不同。行政補償?shù)姆梢罁?jù)是有關(guān)的單行的部門法律法規(guī)，而行政賠償?shù)姆梢罁?jù)是行政訴訟法和國家賠償法。