馬耀南7歲入私塾，后考入 周村高等小學(xué)。1920年考入濟(jì)南省立第一中學(xué)。1924年考入天津 北洋大學(xué)攻讀機(jī) 械工程學(xué)。在校期間，被選為北洋大學(xué)學(xué)生聯(lián)合會和天津市學(xué)生聯(lián)合會的負(fù)責(zé)人。他信仰 孫中山“聯(lián)俄、聯(lián)共、扶助農(nóng)工”的三大政策，參加了國民黨。1930年，他以優(yōu)異的成績畢業(yè)，獲得學(xué)士學(xué)位。馬耀南積極投身反帝愛國運(yùn)動，與進(jìn)步同學(xué)一起組織反日會，到街頭、農(nóng)村宣傳抗日救國，抵制日貨。1929年出席國民黨第三屆全國代表大會，目睹國民黨的黑暗腐敗，憤而退席。后參加國民黨的改組派，參與反蔣活動，后被開除國民黨 黨籍，并遭國民黨通緝。 1930年，馬耀南以天津?qū)W界代表的身份參加了國民黨在南京召開的第三次全國代表大會，并參加了倒蔣(介石)運(yùn)動。同年(1930年)，國民黨以親共反蔣的罪名開除了他的黨籍，并下令通緝。他決定摒棄國民黨，走“教育救國”的道路。1933年，被 長山縣的鄉(xiāng)紳們，聯(lián)名邀請回本縣當(dāng)了 長山中學(xué)的校長。

　　1937年“七七”事變發(fā)生后，他看到國土淪喪，民眾倒懸，便毅然投筆從戎參加了革命。1937年12月，他同 姚仲明、 廖容標(biāo)、 趙明新同志一起領(lǐng)導(dǎo)了著名的 黑鐵山起義，擔(dān)任了山東人民抗日救國軍 第五軍參謀長， 八路軍山東人民抗日游擊隊(duì)第三支隊(duì)司令員。同年10月加入中國共產(chǎn)黨。1939年7月22日，在 桓臺縣牛王莊突圍戰(zhàn)斗中不幸中彈犧牲。時年37歲。