1932年，“一·二八”抗戰(zhàn)的時(shí)候稅警總團(tuán)以第88師獨(dú)立旅的身份參戰(zhàn)，戰(zhàn)功卓著。此間孫在訓(xùn)練上下了很大功夫，把中國傳統(tǒng)教育和美國軍校的教育方式結(jié)合起來，制訂出適合自己部隊(duì)需要的訓(xùn)練制度和方法，形成了一套與國軍其它部隊(duì)不同的訓(xùn)練操典，被大家稱為“孫氏操典”。

1937年，全面抗戰(zhàn)爆發(fā)。9月稅警總團(tuán)開拔奔赴淞滬會(huì)戰(zhàn)前線。稅警總團(tuán)駐守蕰藻浜(吳淞江北支流)，后因側(cè)翼被優(yōu)勢日軍突破，被迫退守蘇州河(吳淞江南支流)南岸。成功阻擊日軍橡皮艇七次渡河。11月3日拂曉，日軍大舉偷渡蘇州河，孫立人部激戰(zhàn)8小時(shí)將日軍趕回，當(dāng)晚，孫立人帶人趁夜色欲破壞浮橋，被日軍發(fā)覺并遭猛烈炮火襲擊，全身被炸傷13處，奄奄一息，昏迷三晝夜。

1937年11月12日，上海淪陷前夕，宋子文又派其弟弟宋子安護(hù)送孫立人去香港，住進(jìn)跑馬地養(yǎng)和醫(yī)院，請(qǐng)名醫(yī)李樹芬悉心診護(hù)。

1938年2月，孫立人傷愈后又率部參加了保衛(wèi)武漢的戰(zhàn)斗，兩次立下戰(zhàn)功，從此便在軍界嶄露頭角。國民政府遷都重慶后，孫立人奉命赴長沙重組稅警總團(tuán)，并擔(dān)任總團(tuán)長。重組的緝私總隊(duì)為淞滬會(huì)戰(zhàn)后傷愈之稅警總團(tuán)殘兵(未受傷的被團(tuán)長黃杰帶走改組為40師)加上新募為主，規(guī)模3團(tuán)，經(jīng)過兩年嚴(yán)格的訓(xùn)練，孫立人將緝私總隊(duì)由原本之三團(tuán)殘兵新兵逐步擴(kuò)張至六個(gè)團(tuán)規(guī)模。

1941年12月，財(cái)政部被迫交出部分緝私總隊(duì)半數(shù)兵力給國民革命軍重組為新編第三十八師，作為交換條件由原本財(cái)政部體系的孫立人晉任少將師長 [8] ，隸屬于第六十六軍，這支部隊(duì)成為中華民國當(dāng)時(shí)的主力部隊(duì)之一。