1943年2月7日，何以參謀總長的身份，偕同史迪威等飛赴印度檢閱中國遠征軍，3月3日返抵重慶。何此行奠定了中國軍隊駐印訓練及遠涉緬甸叢林配合英美盟軍作戰(zhàn)的基礎(chǔ)。

1944年11月20日，何擔任了近14年的軍政部長職務(wù)，被蔣介石的另一親信陳誠奪去。

1944年12月25 日，何在昆明就任中國戰(zhàn)區(qū)中國陸軍總司令，統(tǒng)一負責西南各戰(zhàn)區(qū)部隊作戰(zhàn)、指揮及訓練，兼指導貴州全省黨政事宜。

何在昆明訓練由美國提供裝備的36個陸軍師，再次受蔣委托指揮中央軍。昆明練兵集中了國民黨中央軍大部主力，是蔣的王牌。

1945年1月底，中國遠征軍攻克緬北重鎮(zhèn)苗斯，與滇西的中國軍隊在滇緬公路會師。何于2月初飛赴該地，主持升旗儀式，后參與指揮了中國遠征軍的第二次入緬作戰(zhàn)。3月7日克臘戍，30日與英美盟軍勝利會師，第二次緬甸戰(zhàn)役勝利結(jié)束。